コホート研究では、死亡や目的疾患の発生について長期追跡が行われます。

異動、生死、死因、がんや循環器疾患（脳卒中・心臓病）、糖尿病、精神疾患（うつ病、認知症等）などの5大疾病の確認方法について、次世代多目的コホート研究（JPHC-NEXT）と日本多施設共同コーホート研究（J-MICC STUDY）など各コホート間の相違点について確認し、統合する場合の精度管理方法を確立します。

がん、循環器疾患（脳卒中・心筋梗塞）、糖尿病等の疾病別の追跡情報の収集と統合法については、国立がん研究センターに加え、大阪大学、国立国際医療研究センター等の参画により具体的方法を検討します。

精神疾患（うつ病、認知症等）については名古屋市立大学と慶應義塾大学が参画します（2011-2012年度）。

追跡には、人口動態調査等の政府統計調査や地域がん登録等の地域登録システムなど客観的データベースとのリンケージが予想されるため、その方法についても共通化をめざし、方法と精度の違いによる統合困難化を回避します（2012年度）。

また、臨床情報とサンプル（血液、腫瘍組織）を系統的に収集するシステムについても共通化を図り、統合解析の実現に備えます（2013年度）。

健診結果等の住民医療情報や院内がん登録、クリニカルパス情報等、IT戦略に基づく電子化医療情報を効果的・効率的に活用した情報収集をめざし、将来的にコホート研究のデータと統合させる方法について検討します（2013年度）。